在构效关系模型的建立中,首先要把IC50数据转换为pIC50,这么做会促使实验者以对数方式设计实验区间,分析实验数据,而不是仅仅在算数尺度设计实验和分析数据。

对于大多数生物应答系统,输入数据间隔为对数尺度时,才有可能会观测到反馈数据的不同;算数尺度的应答,将会带来大的误差风险或者无法观测到有效差异。因此在进行QSAR模型建立前,对于IC50,转换成pIC50是及其必要的。

pIC50将更好的协助实验者正确评估自己的生物实验数据,特别是不至于过度夸大IC50的差异,如100 nM 与 300 nM 可能看起来差别为200 nM, 而从pIC50 角度,它们只相差0.48,属于同一级别的数据。

将IC50 转换为pIC50 也提高了数据的可读性,正如最后几行python所示,通过简单的分类,实验者可快速通过在一个很小的区间内对该数据进行好坏的归类,而不必在原始的IC50所包含的从一到万的区间内进行区分,这将提高工作效率。

Covert IC50 from nanomolar to Molar, here I assume all the input IC50s are in namomolar, since this is most the case. 首先我们把IC50从纳摩尔转换成单位为摩尔,转换关系为10的9次方

Then the next cell just put the IC50 in molar to its negative logarithm 接下来只需取其负对数即可,不过需要先引入math函数

Now let's try to comment the bioactivity of this certain value of IC50, here I define pIC50 >= 6.5 good, pIC50 < 5.7 bad, others as medium. 下面对该IC50数据进行归类,如果大于6.5(300 nM),为好,小于等于5.7(2000 nM)为差,二者之间为中